招生录取工作在各省、自治区、直辖市招生委员会统一组织下进行，遵循公平竞争、公正选拔、公开程序的原则；以考生填报的志愿和高考成绩为主要录取依据，德智体美全面考核，择优录取。
学校志愿以“学校志愿优先”为原则。当第一志愿报考学校的人数少于招生计划数时，接收非第一志愿或省区市招办组织征集志愿的考生。
专业志愿以“专业志愿优先”为原则，充分尊重考生志愿，不设专业“级差”。对相同专业志愿的考生从高分到低分顺序录取。在考生所报专业志愿均未被录取情况下，对服从专业调剂者，调到缺额专业录取；对不服从调剂者，作退档处理。非第一学校志愿进挡的考生依据其高考成绩，录取到缺额专业。
执行考生所在省、自治区、直辖市招生委员会制定的加分或降分政策。
同等条件下，优先录取获得省级优秀学生、优秀学生干部、三好学生等荣誉称号的考生，有艺术、体育方面特长的考生，语文、数学、外语三科高考分数总和较高的考生，
本科民族预科录取中，同等条件下对高寒山区、边疆少数民族地区考生优先录取。
学校录取通知书待录取结束后以特快专递方式寄出，录取结果在云南中医学院招生信息网上公布（http://www.zsb.ynutcm.edu.cn/）。
