云南中医学院创建于1960年，是全国第二批成立的高等中医药本科院校。1986年获准为硕士学位授权单位，2009年列为云南省省级立项建设博士授予单位。学校有呈贡、白塔2个校区；现有二级学院（部）13个，本科专业21个，省部级重点学科28个；共有全日制本科生9104人，研究生691人。截至2014年9月30日，有教职工742人，其中高级职称206人，具有研究生以上学历466人，其中国务院突出贡献专家1人，享受国务院政府特殊津贴专家5人，全国老中医药专家学术经验继承指导老师8人，云南省中医药师带徒工作指导老师2人，省级突出贡献专家4人，享受省人民政府特殊津贴专家3人，省荣誉名中医、名中医11人，省中青年学术和技术带头人、后备人才9人，省技术创新人才1人，省优秀中青年中医药领军人才2人，博士生导师5人，全国中医药传承博士后合作导师2人，云岭教学名师1人，云岭名医2人，云岭学者1人，云南省高校教学名师8人，建有云南省高校名师工作室8个。有各类实践教学基地118个，其中医学类实习基地70个（直属附属医院2所，非直属附属医院10所，教学医院13所，实习医院34所，西医临床教学基地11个）；中药及药学类实习基地43个；非医药学类专业实习基地5个。
学校坚持以中国特色社会主义理论体系为指导，全面贯彻党的教育方针，坚持立德树人、促进学生全面发展、终身发展的教育理念，以中医药为主体，积极发展民族医药，引领云南中医药发展，服务国家和云南健康事业与产业发展，造福人类健康。
学校在长期的办学历程中，逐步形成了“情注边疆，培养‘四得’人才”，传承和发展云南民族医药和围绕中心三全育人的办学特色。
校企合作、产学研融合促进学校发展，实现学校与企业、社会的良性互动、互利共生。学校与企业在人才培养上的无缝对接，不仅提高了人才培养的实用性和实效性，还打造了一支应用型高水平师资队伍，“双师型”师资团队日益扩大。目前学校外聘教师210人。同时，提高了学校对产业的服务能力与水平，直面企业的技术疑难，加快科研成果的转换。与云南白药集团联合，以“产学研”结合的模式，共建共管、共享共用，共建了“云中-云白药药物研发协同创新平台”，近2年云南白药已投入学校仪器设备700余万元。平台管理实行开放和流动制度，研发平台除了保障承担的云白药重大研发工作以外，面向学校和云白药系统全面开放，部分还面向社会开放，有效推动了学校与企业、行业的资源共享和学校科技工作与产业的接轨。
“十二五”以来，我校承担各级各类科研项目491项，其中国家级项目41项，省部级项目107项，研究经费5930万元，科研成果获省部级奖励20项。
学校特聘教授朱兆云教授主持，多名教师参与的“低纬高原地区天然药物资源野外调查与研究开发”项目取得了一系列基于野外调查的原创性、基础性、战略性、公益性的创新性研究成果，获2011年度云南省科技进步特等奖、2012年度国家科学技术进步一等奖。学校与西双版纳州傣医医院共同完成的“傣医基础理论的整理及应用研究”成果，获中华中医药学会2012年度科学技术二等奖。学校第一附属医院完成的“温阳通络法治疗类风湿关节炎的研究及临床应用”，成果获2014年度云南省科技进步一等奖。
学校通过向41个用人单位发放毕业生质量调查问卷、召开座谈会、毕业生信息反馈等方式，收集用人单位对学校毕业生思想道德品质、总体知识水平、综合工作能力等的综合评价。调查结果表明：学校毕业生在思想政治和道德品质、专业能力和学习新知识能力、组织纪律和工作责任感、奉献精神和团队精神等方面都有较好表现。根据麦可思数据有限公司的调查结果显示：我校2012届、2013届毕业生对母校的总体满意度分别为87%和91%，比全国非“211”本科院校分别高2个百分点和5个百分点；学校毕业生就业的专业相关度、职业吻合度均高于全国非“211”本科院校。
在推进改革发展中，学校加强现代大学制度建设，实施管理重心下移，完善责权利相一致的校院两级管理体制机制，充分发挥二级学院教学管理的职能职责；高度重视专家治学作用，建有高教研究室、教学研究与评估科等专门的教育研究机构，不断推动教育教学理念的转变。获得省级以上本科教学质量工程项目118项，近两届获省级教学成果一等奖3项、二等奖5项。
学校不断推进国际交流与合作，招收美国、澳大利亚、日本、泰国、越南等10余个国家和港澳台地区学生。与西班牙、澳大利亚、泰国、越南等国家和地区的25所大学、医疗和科研机构建立了合作关系，开展教学、医疗和科研的交流与合作。是云南省第一家在境外开展专业教育的高校。
在50多年办学历程中，学校秉承“崇德和合、博学敦行”的校训，以服务地方经济社会发展为己任，人才培养成效显著，师资结构持续优化，办学特色日益凸显，科研实力明显增强，产学研结合特色鲜明，办学影响力显著提高，综合办学实力不断增强，正向着区域有影响力的高水平中医药院校目标迈进。
